本校校史室位於行政大樓三樓。行政大樓於民國76年完工，前校長陳水芳於民國100年（本校獨立設校30週年）前夕，有感於校史文物的價值與重要性，卻因學校長期以來沒有保存檔案文物的單位，以致許多重要史料、文物隨時間的流逝而消失，特令秘書室協同文書組研究建置校史典藏空間，經過各處、室的配合及努力，終於完成本項艱辛的任務，並於100年5月舉辦校史室啟用典禮，為本校留下珍貴的史料，並撰「青春盡在高職金門農工獨立設校三十週年慶」一文。
金門農工
校史館介紹
展場介紹
校史館緣起
校史館係將學校發展歷程及其歷程中所產生相關資料、文物妥善保存以供後人使用，有感於傳統的校史館（室），因典藏的空間有限，但校史的資料無窮，為利校史的傳承及延續，本校規畫採數位方式為主，再搭配舊校史室局部整修為輔，作為校史室（將更名為校史館）整修的主軸，用數位化方式，以為輔助實體校史館、以展示學校發展歷程及其相關文件、 文物資料，並輔助、宣傳學校及校史館行政策略與活動及其館藏為目的。
為此，校長劉湘金特於108年2月召開校史館整修籌備小組會議，並經多次工作小組會議，後續展開「校史館典藏擴充工程」案，經費爭取由金門縣政府補助經費計150萬元整，本校自籌180餘萬，總預算324萬3,320元整，並由方光群建築師事務所設計監造，雲峰營造有限公司承作施工。
校史館緣起
學校歷史「乘載了一所學校的沿革、成長變遷、理念特色、成敗經驗、社區資源、未來願景，以及學校內外人、事、時、地、物之間交互關係的描述」，校史館更將學校發展歷程及其歷程中所產生相關資料、文物妥善保存以供後人使用，為長久保存本校校務發展過程完整記錄，維繫全校員生情感及凝聚向心力，並將校史文物之逐步充實，將不限期程，長期蒐集。凡屬學校發展歷程值得納入保存之文件、照片（含影像資料）或紀念物等均屬校史文物蒐集範圍，其類別包括：學校創立及發展沿革、組織變更及系所增設發展、校園變遷及重大建設、校務特色及辦學績效、教學、研究成果及發展、建教合作及服務推廣歷程、學生活動及校友成就記錄、學校簡介及出版刊物、其他有關學校校務發展歷程相關資料或物品等。
各區介紹
1. 校史館入口區
以檀棕色木心板為主要設計風格，為了讓參訪貴賓可以先行導覽校史館內容，本區設置了一台86吋觸控螢幕，播放學校簡介及校長迎賓影片供各位參訪貴賓看。
2. AR網頁使用教學區
AR是什麼呢？是一種透過攝影機影像的位置及角度精算並加上圖像分析技術，讓螢幕上的虛擬世界能夠與現實世界場景進行結合與互動的技術。我們在此提供一台55吋直立多點廣告機及AR介紹看板為您詳細的介紹並讓參訪貴賓更能深入的了解本校。
3. 校史演進區
將以32吋LED觸控螢幕呈現自創校以來各時期的重要事蹟、重大的變化演變成現今的國立金門高級農工職業學校。
4. 學生時期懷舊櫥窗
你是否會開始懷念起學生時期的時光呢？你是否曾經懷念穿著校服的日子呢？筆挺帥氣的制服，穿著閃亮的皮鞋，讓我們一起回憶吧！讓我們的青春成為最好的回憶吧！
5. 歷任校長專區
還記得在校時和藹可親的校長嗎？不管是在校時經歷過一任的校長還是兩任的校長，你是否還記得他們呢？不記得也沒關係，我們來為你介紹，每一任校長所致力推動各項校務，並將生活、技藝、知識融入教學內，推動各種校園、戶外、國際等學習交流活動，發展學校特色。
6. 校園風雲人物看板
每個人在求學階段，一定都有崇拜的校園風雲人物，在數理、美術、體育各個方面樣樣有，當時無人不知無人不曉，出社會後成為各個領域的傑出人士，學校的傑出校友。
7. 家長會校友會與文教基金會專區
介紹家長會、校友會及文教基金會，讓參訪貴賓更了解他們對學校的貢獻。
8. 國際交流成果展示區(歷史照片及活動專區)
展示學生校外交流成果，且可掃描QR Code觀看交流過程、交流心得增加趣味及互動性；圓弧形展示架呈現學校歷史照片及活動照片，可掃描QR code觀看更多相關照片。
9. 得獎展示區
以掃描QR Code的方式讓各位參訪貴賓觀看比賽的紀錄及得獎資訊。
10. 數位典藏區
跳脫傳統的紙本文件，以現代化觸控螢幕呈現本校重要文物及所有收藏文件供各位參訪貴賓翻閱欣賞。